Skagens oprindelige huse har næsten alle opnået deres nuværende form ved knopskydning. En fiskerfamilie ville typisk starte med et kort længehus og udvide det i takt med at økonomien tillod det. Bygge et fag eller to i enden, et udskud på siden eller en kvist på taget. Måske et anneks, og naturligvis diverse udhuse. I Lille Skagen har arkitekterne skabt to størrelser længehuse, som kan kombineres med udskud, kviste, annekser og udhuse til et væld af forskellige boliger, der alle er tro mod det traditionelle Skagen-hus.

Boligerne i Lille Skagen opføres som lavenergihuse med pudsede og malede facader, røde tegltage, zinktagrender og træbeklædte udhuse. Det er gedigne materialer, som sikrer lave drifts- og vedligeholdelsesudgifter mange år ud i fremtiden.

Frederikshavn Kommune har valgt at ophæve bopælspligten for helårsboliger i Lille Skagen. De nye boliger i Lille Skagen kan således anvendes både som helårsbolig og som feriebolig. Det er helt op til den enkelte ejer.